Ichigo er taget på museum med drengen Aoyama, som hun er helt vild med, men ved et uheld ender hun og fire andre piger på museet med at blive ofre for et videnskabeligt eksperiment. De får sprøjtet gener fra udryddelsestruede dyr ind i sig og får dermed evner til at bekæmpe de ondsindede rumvæsner, som vil udrydde Jorden. Projekt Mew Mew er begyndt!