Thomas har en drøm. 
Sammen med sin bedste ven skal han på en mission, der skal gøre drenge til mænd.
De vil se bryster. I levende live.
De har på fornemmelsen, at de er de eneste to drenge i 7. klasse, der ikke har set nogen, og hvis de ikke får set et par inden 8. klasse, vil de dø som ensomme jomfruer uden hår på.
 
Den Store Mission foregår i år 2000 i en lille vestjysk by, hvor alle kender hinanden, og de fleste spiller badminton i vinterhalvåret og fodbold om sommeren. Thomas og Christian er skolens to mærkelige drenge, der har deres egen klub i kælderen, hvor de lægger store planer for, hvordan de skal få deres mission til at lykkes.
 
I Den Store Mission følger vi Thomas, mens han prøver at jonglere venskab, kærlighed, sure forældre, Bjarke fra parallelklassen, der forpester hans liv og den nye dreng, som blev smidt ud af skolen i nabobyen og derfor er lidt farlig.
 
Den Store Mission er en historie om venskaber og om at lære, at det ikke er alt, der er rigtigt, bare fordi det bliver sagt højt.