Året er 1943, og tidsportalen har sendt Milton og Iona til København, hvor de møder den berømte fysiker og nobelpristager Niels Bohr.

Både tyskere og briter har udvist stor interesse for Niels Bohrs forskning i kernespaltning, men pludselig går det op for Milton, at også FØNIKS-selskabet vil have fingrene i Niels Bohr. Lykkes det, vil de udnytte hans viden til at skabe atombomben og slå millioner af mennesker ihjel. Og pludselig haster det med at få Niels Bohr ud af landet.

Samtidig erfarer Milton og Iona, at den tyske besættelsesmagt inden for få dage planlægger en aktion for at tilfangetage alle danske jøder. Kan de nå at advare en hel jødisk befolkning inden da? Og hvordan skal de få dem væk fra Danmark og i sikkerhed? Der er ingen tid at spilde for Milton og Iona.

Nobelpristageren i København er første bog i Fønikstrilogien. Fønikstrilogien er en selvstændig fortsættelse af trilogien Historievogterne. Bøgerne er skrevet af Hanna og Jakob Blixt.