Pearl og hendes yngre søster, Clover, bor på en flydende østersfarm, isoleret fra dem, som bor på den landjord, der er ødelagt af miljøkatastrofer. De tilbringer dagene i havet sammen med marsvinene og på vaderne for at lede efter ting i mudderet, men livet er langtfra sorgløst. Clover er ulovlig, fordi hun er familiens andet barn – og Pearl vil gøre hvad som helst for at beskytte hende.
Så ankommer Nat for at tilbringe sommeren på østersfarmen. Han har forladt fastlandet og alle dets strenge regler, og med sig har han en hemmelighed. Men da de to søstre lover, at de ikke fortæller nogen om hans hemmelighed, ved de ikke, at de hermed risikerer at miste alt.
Mellem havet og himlen er en smuk og rørende fortælling om livet i en mulig fremtid. En fremtid efter det totale sammenbrud, hvor mennesket har måttet finde nye måder at leve på. Hvor bestøvere ses som mytiske dyr, der kun fandtes i gamle dage. Bogen er både en klimadystopi og en fortælling om venskab, kærlighed og håb.