I april 1672 sejler den danske fregat Oldenborg fra København med en besætning på 154 mand. Målet er det lille kongedømme Bantam på Java, hvor skibet skal købe sukker og krydderier.

Med om bord er en 11-årig dreng fra Helsingør samt den unge skibslæge Cortemünde, der fører dagbog over den dramatiske rejse.

Dødssejleren er historien om barske søfolk, storme, forlis, straf og umenneskelige lidelser. Da Oldenborg vender hjem til Danmark i 1675 har kun 25 overlevet turen.