Hver sommer besøger Flora sin bedstemor, som bor i et  sandfarvet hus omgivet af en stor have. Hendes bedstemor hedder Simone og taler lidt sjovt, fordi hun er født i Frankrig. Flora hjælper sin bedstemor med at passe den  store have, som hendes bedstefar, der var gartner,  anlagde for mange år siden. Når Bedstemor sover til  middag, leger Flora i haven og her møder hun en pudsig lille fyr, Pyrus, som ved en hel masse om  havens forskellige blomster og træer.  

Flora og havenissen er en sød og stemningsfuld  beskrivelse af forholdet mellem en lille pige og hendes bedstemor. Den hyggelige historie med fantasivennen Pyrus flettes sammen med fakta om haven, og lidt  køkkenhygge med Bedstemors egne opskrifter på  fransk løgtærte og pæremarmelade.