I Vestervomstrup skal den gamle præst pensioneres, så biskoppen kommer til byen for at overdrage jobbet til den nye præst, Fanny Winther. Fannys ankomst får den gamle præst til at græde og politimesteren til at rødme – og så virker hun ikke selv helt begejstret for at skulle arbejde i den lille by. Ved tiltrædelsesceremonien er der påstyr i kirken: En frø sidder og kvækker i døbefonten og Jesusfiguren har fået badebukser på!

Men hvem er det, der forsøger at forhindre den nye præsts tiltrædelse?

Politimesteren er forblændet af sin forelskelse, så det er op til Lasse og Maja fra LasseMajas Detektivbureau at opklare sagen. De gemmer sig i kirken natten før den nye ceremoni for at sørge for, at ingen stjæler den kostbare bispestav. Men den følgende dag går det alligevel helt galt i kirken …

Kirkemysteriet er en blandt flere illustrerede krimibøger for børn i svenske Martin Widmark og Helena Willis serie om LasseMajas Detektivbureau. I serien findes også Cykelmysteriet, Sølvmysteriet, Slotsmysteriet, Brandmandsmysteriet og mange flere. Bøgerne kan læses uafhængigt af hinanden.