Magnus Løvenskjold er endelig kommet over på Superhelteskolen, hvor han hører hjemme. Alt kører for ham – indtil general Gorm indfører en ny prøve: Gennemfør minebanen, eller du ryger ud. Men hvordan klarer man en minebane, når man sidder i kørestol?

Lili er til gengæld havnet på Superskurkeskolen, hvor gamle fjender bliver til nye venner. Da hendes fængslede skurkefar viser sig at være dødeligt syg, står hun over for et svært valg: Skal hun risikere sin egen fremtid for at redde hans?

Flugten fra Sankt Morbus er tredje bog i serien om Superskurkeskolen.