Tokyo Mew Mew må hurtigt finde det vigtige Mew-aqua, som skal bruges i kampen mod Kisshu og de andre rumvæsner. Jo længere tid der går, jo mere vokser pigernes kampkraft, som forstærker deres dyretræk. Ichigo er naturligvis bekymret, for som kat kan hun aldrig blive kæreste med Aoyama-kun.