Yugi og vennerne er stadig fanget i Kaibas bizarre spilleland. Kaibas lillebror, Mokuba, har ikke glemt sit første forsmædelige nederlag og er fast besluttet på at stoppe Yugi, inden han når frem til den sidste store duel med Kaiba. Imens svæver Yugis bedstefar mellem liv og død på hospitalet, og det store pres, der hviler på Yugi, gør det svært for ham at holde sit andet jeg under kontrol. Kan Yugi blive ved med at skjule sandheden om Jonouchi og de andre, og hvad er det for en hemmelighed Kaiba bærer på?