Milton føler sig svigtet af Iona og ved ikke længere, om han kan stole på hende, men for at redde sine forældre bliver de nødt til at samarbejde. En sidste tidsrejse fører dem til det krigshærgede Budapest i 1940’erne. Her møder de den svenske diplomat Raoul Wallenberg, som gør alt for at beskytte de mennesker, som trues af Holocaust. Snart vikles Milton og Iona ind i Raouls arbejde, alt imens de finder ud af, at Miltons forældre er de to mest eftersøgte personer i byen.

For at holde historien på rette spor skal Miltons forældre nemlig møde en af Anden Verdenskrigs mest frygtede mænd – Heinrich Himmler, chefen for Hitlers SS-styrker. Vil de overleve et sådant møde, og kan Milton og Iona få dem tilbage til nutiden, før det er for sent?

Flugten fra Budapest er tredje og afsluttende bog i trilogien Historievogterne, som er skrevet af ægteparret Hanna og Jakob Blixt.