Toshiko, Jun og Mei Kawakami: en familie, der ikke er bundet sammen af blodets bånd, men af loyalitet. De lever på kant med loven i den stadig mere korrumperede samfundsorden, mens de søger hævn for mordet på deres elskede ‘tante’ Reiko begået af Lykkens Krager. Haru er kejserens søn, som en dag skal herske over øriget og videreføre sin mors skændige arv, men han er mere interesseret i at blive venner med de magiske Solånder, som kun han kan se. Theo er blevet nødsaget til at forlade sit hjemland og arbejder nu modstræbende som fodsoldat for Lykkens Krager. Han ønsker ikke at være gangster, men som ulovlig indvandrer i byen er hans valgmuligheder ekstremt begrænsede.

Da Toshiko stjæler en drageperle fra Kragernes leder, fører det dem alle ud på en farefuld færd, der kan komme til at tegne fremtiden for Skyggeregnens Stad.

Skyggeregnens forældreløse udspiller sig over to begivenhedsrige dage og er fyldt med uforglemmelige karakterer. Serien blander anime-fantasy a la Pokémon og Studio Ghibli med revolutionerende cyberpunk anime-science fiction som Akira for at udforske, hvad det vil sige at tage kampen op mod korruption og tage ansvar for sin egen skæbne.