Arthur Parnassus er forstander på et særligt børnehjem på en fjern ø. Sammen med sin store kærlighed, den tidligere sagsbehandler Linus Baker, arbejder han hver dag hårdt for at give hjemmets seks magiske børn den kærlighed, han selv manglede som barn. Men spøgelser fra Arthurs mørke fortid truer med at vælte hans verden, og snart må han kæmpe for sin families fremtid.