Efter mødet med et voldsomt uvejr, mister Chafik sin tillid til verden, og beslutter sig for at blive i sin seng resten af livet. I et forsøg på at hjælpe, bygger hans far sengen om til et magisk skib, og tager Chafik med på smukke og udfordrende eventyr. Bølgerne i Himlen er en fantastisk fortælling om hvordan angst kan påvirke et ungt, uvidende væsen, og hvordan en forælder kan håndtere dette gennem fantasiens kraft.