En gigantisk meteor slår ned på Sydpolen. Det resulterer i en katastrofe af dimensioner, som aldrig er set før i menneskehedens historie: ´Second Impact´. Stigende havspejle, naturkatastrofer, økonomisk sammenbrud, optøjer og borgerkrige. Jordens befolkning reduceret til det halve.
I år 2015, da genopbygningen omsider begynder at tage form, trues menneskeheden af en ny fare, Englene. Gigantiske krigere af ukendt herkomst angriber. Er det overhovedet de himlens gesandter, som man forbinder med deres ophøjede navn? For at væbne sig mod yderligere angreb fra englene, udvikler menneskene den humanoide universalkampmaskine ´Evangelion´. I år 2015 står tre eksemplarer kampklare. Som piloter til EVA'erne udvælges to piger og en dreng. De voksne har intet andet valg end at betro dem håbet om en fremtid for verden. På disse unge menneskers skuldre hviler det kolossale ansvar for, om verden skal bestå eller gå under. Deres kamp begynder i dette øjeblik.