Vilhelm er født på Glaspusternes Ø, og han ved, at han aldrig kommer til at se resten af verden. Vilhelm skal nemlig snart i lære hos sin mor – øens dygtigste glaspuster – og når man er glaspuster, må man ikke forlade øen. Nogensinde. Vilhelm når dog ikke at starte i lære, for en dag tager hans mor til markedet og kommer ikke tilbage. Ingen lader til at vide, hvor hun er taget hen, så Vilhelm og hans søster Frieda beslutter sig for at finde ud af det. Det eneste, de har at gå efter, er et lysende glashjerte, der ikke kan knuses, men kan det vise vejen til hende? Og har moren virkelig pustet det af ulovligt silkesand? 

Glaspusternes ø er en fortælling om mørke og lys, om kærlighed og besættelse, om videnskab og magi.