Nina på 7 år har et nært forhold til sin Bedstemor, som hun ofte besøger efter skoletid. Bedstemor havde en hjerteveninde, der også hed Nina, men som hun ikke har set siden krigen. En eftermiddag falder Bedstemor ned ad trappen og forstuver sin fod. Af frygt for at hun skal havne på plejehjem, ”flygter” de ned ad kældertrappen og havner i Bedstemors baggård, der er forvandlet til krigstidens København. Her møder de Bedstemor og hendes jødiske hjerteveninde som skolepiger. 

Med Bedstemor i tidens labyrint handler om Anden Verdenskrig setmed et moderne barns øjne. Den fortæller om relationer mellemmennesker på tværs af generationer, hvor fortid og nutid forenes.