Magnus Løvenskjold har endelig fundet ud af, hvem der myrdede hans forældre, men hans søster, Lili, vil ikke lytte. Samtidig bryder en grusom epidemi ud. Tusinder bliver dødeligt syge, og alle begynder at frygte hinanden, for hvem er ven, og hvem bringer smitten med sig?
Nu er det op til Magnus at bekæmpe den grusomme sygdom, der får de syge til at tro, de bliver angrebet af sorte fugle – og ikke mindst at stoppe dem, der har skabt sygdommen.
De sorte fugle er fjerde og sidste bog i serien om Superskurkeskolen